(1)控制整个在线监测系统的自动运行，这部分主要由PLC写入程序后完成;
(2)采集、存储并传输仪表分析的数据，这部分主要由现场工控机与数据采集传输模块协作完成。
辅助系统的设计主要是为了保障在线监测系统的连续稳定的运行，它需要根据现场情况的变化而作相应的调整。总体来说有以下几个方面需要注意:
(1)管路的清洗:由于管路中残留的污垢以及因此而孳生的藻类会对水样造成污染，所以需要对管路进行定时定量的清洗，清洗的方式和内容多种多样，目标都是为了保证水样的真实性和代表性。
(2)电力的保障:电力的稳定直接关系到仪表分析的准确性和连续性，因此首先尽可能选择稳定的交流电网以供接入;其次，在交流电进入自动监测系统前，需要对电流再次整流，以便应对突发性电流不稳情况的发生;如果有必要的话，可以配备后备电源以供停电时在线监测系统的正常运行。
(3)预防雷击:防雷主要分为站房防雷、电源防雷和通讯防雷，当遭遇雷击时电流首先击穿防雷器以达到保护仪表及系统设备的目的。这一点在雷雨多发的地区尤其重要，当发生雷雨后工作人员要尽快检查防雷器的状态，如损毁要及时更换。
(4)调节温湿度:适合的温度和湿度对于仪表的稳定运行也很重要，这部分功能主要由空调和除湿设备来实现。
1、色度：饮用水的色度如大于15度时多数人即可察觉，大于30度时人感到厌恶。标准中规定饮用水的色度不应超过15度。
2、浑浊度：为水样光学性质的一种表达语，用以表示水的清澈和浑浊的程度，是衡量水质良好程度的指标之一，也是考核水处理设备净化效率和评价水处理技术状态的依据。浑浊度的降低就意味着水体中的有机物、细菌、病毒等微生物含量减少，这不仅可提高消毒和杀菌效果，又利于降低卤化有机物的生成量。
3、臭和味：水臭的产生主要是有机物的存在，可能是生物活性增加的表现或工业污染所致。公共供水正常臭味的改变可能是原水水质改变或水处理不充分的信号。
4、肉眼可见物：主要指水中存在的、能以肉眼观察到的颗粒或其他悬浮物质。
5、余氯：余氯是指水经加氯消毒，接触一定时间后，余留在水中的氯量。在水中具有持续的杀菌能力可防止供水管道的自身污染，保证供水水质。